Die MA ist für die Verwaltung und Durchführung des Programms gemäß dem Grundsatz der wirtschaftlichen Haushaltsführung und im Einklang mit den geltenden EU-Vorschriften verantwortlich. Die MA nimmt auch die Rechnungsführungsfunktion wahr, d. h. sie reicht Zahlungsanträge bei der Europäischen Kommission ein und zahlt die EFRE-Kofinanzierung an die federführenden Partner (LP) aus.
Die Stadt Wien, Abteilung für europäische Angelegenheiten, ist für die Verwaltung und Umsetzung des Programms in finanzieller Hinsicht und gemäß den EU-Vorschriften verantwortlich.